謎の疫病で男子の人口が急速に減少した結果、社会運営の根幹や権力が女性に完全に移った江戸。徳川八代将軍吉宗は、女が男の名を名乗りながら家督を継ぐ世の中を疑問に思い、大奥の所記『没日録』を読み、歴史を紐解き始める。その始まりは三代将軍・徳川家光の時代に遡る。「赤面疱瘡」と呼ばれる奇妙な病が日本中に広がり、男子の人口は女子の約 1/4 にまで激減した。江戸城でも三代家光以降将軍職は女子へと引き継がれ、俗に美男三千人と称される男女逆転の大奥の世界が築かれていた。京から江戸城を訪れた公家出身の美貌の僧・万里小路有功は、春日局の脅迫により小僧の玉栄とともに無理矢理還俗させられ、家光の小姓となるべく大奥に入れられるが、そこで驚くべき真実が明かされた・・・