日常的に怪獣が人々をおびやかす世界。怪獣を討伐する「日本防衛隊」への入隊を志していた日比野カフカは、いつしかその夢を諦め、怪獣専門清掃業者で人知れず働いていた。「二人で怪獣を全滅させよう」かつてそう誓い合った幼馴染の亜白ミナが第3部隊隊長として脚光を浴びるなか、彼女と共に戦えない不甲斐なさを抱えるカフカ。しかし、防衛隊を目指す後輩・市川レノとの出会いをきっかけに、止まっていた時が動き出す。ミナの隣に立つために。怪獣から人々を守るために。カフカは再びかつての夢を追い始める。――だが彼は知らなかった。怪獣の脅威が、思いもかけない形で近付いていたことを。