世界各地に異次元と現世界を結ぶ通路“ゲート”が出現して十数年。“ハンター”と呼ばれる超人的な力に覚醒した人間たちと、ゲート内のダンジョンに存在するモンスターとの戦いは絶え間なく続いている。本来、ハンターの能力は覚醒時から成長せず、そのランクも変わることはない。しかし、人類最弱兵器と呼ばれていた低ランクハンターの水篠旬は、二重ダンジョンでのレイド中に自分だけが「レベルアップする」力を手に入れ、戦いの中で能力を高めていく。転職クエストをクリアして、影の兵士を従わせることができる職業『影の君主』を手に入れた旬は、病気の母を治す可能性のある「命の神水」の素材を求めて新たな戦いに身を投じていくのだった。