時は幕末——。動乱巻き起こる京の街に集う若者がいた。壬生浪士組、通称“ミブロ”。のちに「新選組」となる彼らは、街の平穏を守るため命を懸ける。ひとりの心やさしい少年「にお」が加わったミブロは、戦いの日々を通して、絆を深めていく。「京を守るためにはまず安住を捨てて、新たに前に進むべきです。」におの一言から、新たな仲間を募集し、組織の拡大に挑むミブロ。しかし、筆頭局長である芹沢鴨の存在により、隊内に亀裂が生じようとしていた。譲れない正義が交錯した末に、儚き暗殺が動き出す——。青のミブロ—芹沢暗殺編—、開幕。