30年前に現れた未知の「侵略性外来生物」によって、世界は一度滅びかけた。人類とその生物「侵略種」は互いに生活圏を争い、現在はかろうじて人類の安全が確保されているものの、世界はいつ滅びてもおかしくない。人々は死と滅びを恐れながら、危険や災害から目を逸らすように日常を生きている。そんな世界の中、国連危険生物調査機関「EXCEEDS」は、侵略種による危機と災害を退けるために活動を開始した。物語のはじまりは極東の島国「瑞穂」。離島で暮らす、侵略種駆除ハンターの少女・久瀬シイナ。たったひとりの家族である妹セツナと静かに暮らすことを望むシイナに訪れる事件とは――？